Cụ thể, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện sai phạm 5.345,354 tỷ đồng, 204.785 m2 đất và 5.718,5 m2 sàn xây dựng. Trong đó, liên ngành (các Sở Tài chính, Tài nguyên & Môi trường, Xây dựng...) và UBND thành phố Hà Nội đã tính toán và phê duyệt tiền sử dụng đất, quyết định tạm thu, tạm nộp không đúng các quy định tại các Nghị định số 198, 84 của Chính phủ, Thông tư 117 của Bộ Tài chính tại 4 dự án được kiểm tra (thuộc Hà Tây) với số tiền hơn 2.893 tỷ đồng.

Số tiền nói trên là số tiền tạm nộp tại các dự án Khu du lịch An Khánh của Tập đoàn Đầu tư xây dựng và Du lịch Bảo Sơn; khu đô thị mới Nam An Khánh của Công ty Đầu tư phát triển đô thị và khu công nghiệp Sông Đà; khu đô thị mới tại lô đất N1+N3 của Công ty cổ phần đầu tư C.E.O; khu đô thị mới Dương Nội của Công ty thương mại và du lịch Nam Cường.

Ngoài ra, một số dự án tại các xã (thuộc địa bàn Hòa Bình) được UBND tỉnh phê duyệt tiền sử dụng đất trị giá hơn 2.500 tỷ đồng nhưng đến thời điểm thanh tra hầu hết các chủ đầu tư chưa nộp và chưa được các sở, ngành bàn giao hồ sơ về Hà Nội.

Số tiền sử dụng đất tồn đọng phải thu hồi (tính đến thời điểm thanh tra) là 2.234,166 tỷ đồng. Chủ đầu tư nộp tiền sử dụng đất không đúng thời gian phải xử phạt chậm nộp theo quy định trị giá 1.880,491 tỷ đồng.